Ponieważ DdNTP mają cząsteczkę wodoru (-H) zamiast grupy hydroksylowej (-OH) przyłączonej do 3'-C dezoksyrybozy, nie mogą wiązać się z żadnymi nadchodzącymi nukleotydami. Dlatego dodanie DdNTP podczas replikacji DNA może być użyte do zakończenia reakcji syntezy.
Dlaczego synteza DNA zatrzymuje się, gdy ddNTP zostaje włączony do rosnącej nici DNA?
Jeżeli dodany nukleotyd jest „dideoksynukleotydem” (rysunek 6.29), 3' koniec rosnącej nici będzie miał teraz H, a nie OH. Zapobiegnie to dodaniu dodatkowych nukleotydów; tj. synteza DNA in vitro zatrzyma się w tym momencie.
Jak ddNTP kończy syntezę DNA?
Gdy ddNTP zostanie włączony do łańcucha nukleotydów, synteza się kończy. Dzieje się tak, ponieważ cząsteczka ddNTP nie ma 3' grupy hydroksylowej, która jest wymagana do utworzenia połączenia z następnym nukleotydem w łańcuchu.
Dlaczego DdNTP przerywają proces replikacji?
Metody laboratoryjne w enzymatyce: DNA
Dideoksynukleotyd trifosforany są łatwo włączane do rosnącego łańcucha DNA, ale brakuje im 3′ grupy hydroksylowej niezbędnej do kontynuacji łańcuchai skutecznie zakończyć polimeryzację.
Dlaczego dideoksynukleotydy powodują zatrzymanie replikacji DNA?
Te ddNTP nie mają grupy 3′-OH, która jest wymagana do utworzenia wiązania fosfodiestrowego między dwomanukleotydy, powodujące zatrzymanie wydłużania nici DNA po dodaniu ddNTP.
