Artefakty dimerów starterów zwykle występują przy dużym progowym numerze cykli (zwykle > 35 cykli), który jest wyższy niż progowa liczba cykli dla żądanego amplikonu. Dimery starterów znacznie się zwiększają po dodaniu heterologicznego genomowego DNA.
Gdzie można zobaczyć startery na żelu DNA?
W nieilościowym punkcie końcowym PCR, dimer startera pojawi się jako mniej lub bardziej słaby rozmaz na żelu agarozowym, poniżej pasma produktu będącego przedmiotem zainteresowania.
Jak powstają dimery podkładowe?
Dimery starterów tworzą gdy dwa startery wiążą się ze sobą zamiast z matrycowym DNA, ze względu na regiony komplementarności starterów.
Jak wykrywasz dimery starterów?
Najłatwiejszym sposobem sprawdzenia obecności dimerów starterów jest porównanie reakcji z kontrolą ujemną (woda zamiast DNA lub RNA). Dimery starterów nadal będą tworzyć się w kontroli negatywnej. Niektóre zestawy starterów częściej tworzą dimery niż inne.
Dlaczego pojawiają się startery dimerów?
Głównie dimery starterów są widoczne ze względu na wysokie stężenie starterów w mieszaninie reakcyjnej PCR. Lub jeśli nie ma amplifikacji PCR i widać dimer startera w żelu agarozowym. Jeśli jesteś w stanie zobaczyć produkt PCR, możesz zmniejszyć stężenie substancji podstawowej i zachować te same warunki.
