Ponieważ sonikacja może potencjalnie degradować białka i denaturację epitopów białek, następnie oceniliśmy wpływ sonikacji na integralność białek.
Czy sonikacja może uszkodzić białka?
Popularne odpowiedzi (1)
Standardowy protokół sonikacji raczej nie może powodować fragmentacji białek- energia jest zbyt niska. Nie powinien nawet powodować jego denaturacji. Może zostać zdenaturowany, gdy zbyt długo go sonikujesz i przegrzejesz próbkę. Jeśli stosujesz chromatografię niklową, inne pasma mogą być po prostu zanieczyszczeniami.
Czy sonikacja może zerwać wiązania peptydowe?
Sonikacja nie może normalnie rozbić podstawowej struktury białka, ponieważ ta struktura (sekwencja aminokwasów) jest zbudowana z wiązań kowalencyjnych, które są wielokrotnie silniejsze niż wiązania wodorowe, a sonikacja może zapewnić energię niezbędną do zerwania tych więzów.
Czy sonikacja uszkadza błonę jądrową?
A krótkie nadźwiękawianie przy niskiej energii może zakłócić błonę plazmatyczną bez przerywania zbyt wielu błon mitochondrialnych lub jądrowych, co prowadzi do taktu mitochondriów.
Czy sonikacja jest konieczna do ekstrakcji białka?
Rozpuszczanie detergentu (np. SDS), który jest wymagany do izolacji białek błonowych, powoduje powstanie lizatu podobnego do kleju, głównie z powodu kwasów nukleinowych. Dlatego w takich przypadkach wymagana jest sonikacja, aby rozerwać te kwasy nukleinowe. Sonikacja generuje dużo ciepła i nie jest dobra dlawiele białek.