W przeciwieństwie do tego, większość eukariotycznych ligaz DNA, wraz z enzymami archeonów i bakteriofagów, należy do drugiej podrodziny; te enzymy wykorzystują ATP jako kofaktor.
Czy ligazy wymagają ATP?
Powszechnie używane są dwie ligazy DNA. … T4 ligaza wymaga ATP , podczas gdy ligaza E. coli wymaga NAD+ (dinukleotyd nikotynamidoadeninowy jest koenzymem składającym się z 2 nt połączonych grupami fosforanowymi). Oba katalizują łączenie grupy 5′-fosforanowej i 3′-OH, tworząc wiązanie fosfodiestrowe.
Dlaczego ligazy potrzebują ATP?
Dwa etapy reakcji ligacji DNA
Sama reakcja ligacji DNA składa się z dwóch podstawowych etapów. Po pierwsze końce DNA muszą przypadkowo zderzyć się i pozostać razem na tyle długo, aby ligaza mogła do nich dołączyć. … Aby umożliwić enzymowi przeprowadzenie dalszych reakcji, AMP w miejscu aktywnym enzymu musi zostać uzupełniony przez ATP.
Jaką funkcję pełnią ligazy?
Ligazy DNA odgrywają zasadniczą rolę w utrzymywaniu integralności genomu poprzez łączenie pęknięć w fosfodiestrowym szkielecie DNA, które występują podczas replikacji i rekombinacji oraz w wyniku uszkodzenia DNA i jego naprawa. Trzy ludzkie geny, LIG1, LIG3 i LIG4 kodują ligazy DNA zależne od ATP.
Czym są ligazy, działają aktywnie czy biernie?
Ligaza DNA jest aktywna podczas procesu replikacji, naprawy i rekombinacji DNA. Jest szeroko stosowany w naprawie pojedynczych niciprzerwy w dupleksowym DNA organizmów żywych przy użyciu komplementarnej nici podwójnej helisy jako matrycy, podczas gdy niektóre formy mogą specyficznie naprawiać uszkodzenia podwójnej nici.
