Metody oparte na wychwytywaniu konformacji chromosomów (3C) ujawniają organizację chromosomów w jądrze poprzez określenie fizycznej bliskości par punktów wzdłuż chromatyny. Zachowują interakcje z chromatyną poprzez sieciowanie, a następnie fragmentację, ligację i sekwencjonowanie oddziałujących regionów.
Jak działa przechwytywanie konformacji chromosomów?
Przechwytywanie konformacji chromosomów na chipie (4C) wychwytuje interakcje między jednym locus a wszystkimi innymi loci genomowymi. Obejmuje to drugi etap ligacji, w celu stworzenia samo-cyrkularnych fragmentów DNA, które są wykorzystywane do przeprowadzenia odwrotnej reakcji PCR. … Na jednej mikromacierzy można przeanalizować około miliona interakcji.
Co to jest wychwytywanie konformacji chromatyny?
Chromatin Conformation Capture (3C) jest ważną techniką wykorzystywaną do badania struktury chromatyny, a także podstawą kilku innych technik pochodnych. … Protokół obejmuje sieciowanie komórek formaldehydem, a następnie izolację chromatyny i trawienie enzymem restrykcyjnym.
Jak działa sekwencjonowanie Hi-C?
Podejście Hi-C rozszerza 3C-Seq do mapowania kontaktów chromatyny w całym genomie, a także zostało zastosowane do badania interakcji chromatyny in situ. W tej metodzie kompleksy DNA-białko są sieciowane formaldehydem. Próbka jest fragmentowana, a DNA jest ekstrahowane, ligowane i trawione enzymami restrykcyjnymi.
Co to jest technika Hi-C?
Klasyczna technika Hi-C obejmuje trawienie restrykcyjne usieciowanego formaldehydem genomu za pomocą enzymów restrykcyjnych specyficznych dla sekwencji, po którym następuje wypełnienie i naprawa strawionych końców z włączeniem nukleotydy połączone z biotyną. Naprawione końce są następnie ponownie ligowane.
