Modele homologii mogą być również używane do identyfikacji subtelnych różnic między spokrewnionymi białkami, z których nie wszystkie zostały rozwiązane strukturalnie . Na przykład metoda została wykorzystana do identyfikacji miejsc wiązania kationów na ATPazie Na+/K+ i do zaproponowania hipotez dotyczących powinowactwa wiązania różnych ATPaz.
Do czego służą modele homologii?
Modelowanie homologii jest jedną z metod przewidywania struktury obliczeniowej, która jest używana do określania struktury 3D białka na podstawie jego sekwencji aminokwasowej. Uważa się, że jest to najdokładniejsza z metod przewidywania struktury obliczeniowej. Składa się z wielu kroków, które są proste i łatwe do zastosowania.
Co to jest modelowanie homologii i dlaczego jest potrzebne?
Modelowanie homologii pozwala uzyskać trójwymiarową strukturę białka docelowego w oparciu o podobieństwo między sekwencją wzorcową a sekwencją docelową i ta technika okazuje się być wydajna, jeśli chodzi o badanie białek błonowych, które są trudne do skrystalizowania jak GPCR, ponieważ zapewniają wyższy stopień zrozumienia …
Jak zrobić model homologii?
Istnieje kilka etapów związanych z modelowaniem homologii
- wybór szablonu przy użyciu sekwencji docelowej. W tym celu możesz przeszukać BLASTp wszystkie dostępne struktury białkowe (PDB). …
- Dopasowanie szablonu i sekwencji docelowej. …
- Jakość Twojego modelu. …
- Udoskonalenieodpowiedniego modelu.
Co czyni modelowanie dobrej homologii?
Jeśli zdefiniujemy „wysoce udany model homologii” jako taki, który ma <=2 Å rmsd ze struktury empirycznej, wtedy szablon musi mieć >=60% identyczności sekwencji z celem stawka >70%. Nawet przy wysokich identycznościach sekwencji (60%-95%), aż jeden na dziesięć modeli homologii ma rmsd >5 Å vs.
